Gnabry a quitté le terrain après 27 minutes de jeu lors de la demi-finale de la Ligue des champions perdue 2-1 mercredi contre le Real Madrid.
Le joueur de 28 ans souffre d'une déchirure à l'ischio-jambier gauche et "manquera le reste de la saison" en club, a indiqué dans un communiqué le Bayern, auquel il reste deux matches de championnat à disputer. Les Bavarois sont actuellement deuxièmes derrière le champion déjà sacré Leverkusen, et comptent deux points d'avance sur le troisième Stuttgart.
L'Allemagne entamera l'Euro contre l'Écosse à Munich le 14 juin. Gnabry (45 sélections, 22 buts) a subi une série de blessures cette saison, qui l'ont tenu éloigné de l'équipe nationale dirigée par Julian Nagelsmann.