Cette rencontre, prévue lundi soir, avait été décalée à mardi en raison des fortes pluies sur la ville lombarde.
L'Atalanta se morfond après cette nouvelle défaite dans la seconde moitié du tableau (12e), avec la plus mauvaise défense de Serie A.
L'équipe entraînée par Cesc Fabregas (15e), sort de la zone de relégation grâce à sa première victoire de la saison en championnat.
L'Atalanta a ouvert le score par l'international Davide Zappacosta d'une reprise en demi-volée du gauche à la limite de la surface (18e). Côme a renversé le cours du match au sortir des vestiaires, en inscrivant trois buts en moins d'un quart d'heure par Gabriel Strefezza (46e), Sead Kolasinac (54e, csc) et Alieu Fadera (58e).
Alors que le sort de la rencontre était scellé, Ademola Lookman a réduit l'écart à la dernière minute du temps additionnel, sur penalty (90e+9).